元明时期的土府、州、县和明代羁縻卫、所既是对唐宋羁縻州县的继承和发展，又是元明土司制度的产物。土司制度是元明乃至清代在西南少数民族地区分封各族首领，世袭官职，“以土官治土民”的制度。元代在西南边远地区授各族首领以宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使等官职，并在其管辖地区建置府、州、县，以土酋任知府、知州、知县，是为土官。因此，土府、州、县及土官是我国古代民族自治政策的产物，具有明显的进步意义。
明代土府、州、县等级建置和设官制度类似于中原府、州、县，只是知府、知州、知县及其佐贰官均由不同等级的民族首领充任，宣慰、宣抚、安抚、招讨、长官诸司为统辖各少数民族的专门机构。按《明史·地理志》记载，历明一代，有土府19个、土州47个、土县6个，宣慰司11个、宣抚司10个、安抚司22个、招讨司1个、长官司169个、蛮夷长官司5个。主要分布于湖南、广西、贵州、云南、四川等边远省区。
明朝政府除给予土府、州、县等各级土官以各种特权之外，为实行有效的控制，还采取了“流官辅佐”的办法，收到一定效果。但土官承袭纠纷、争地仇杀、不服朝命、虐其属民时有发生，明政府在完善土司制度的同时，开始实行改土归流，即革除土官世袭，以流官代替土官，使土府、州、县纳入地方行政系统。但由于土官势力甚大，改土归流在明代进展甚为缓慢。至清代中期，改土归流的速度才得以加快，至民国时期基本完成。
明朝在西南少数民族地区建置土府、州、县的同时，于东北、西北等地建置了羁縻都司、卫、所，以当地少数民族首领、酋长为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，而由朝廷赐予敕书、印信，使各统部民，因俗而治。
在东北黑龙江流域女真居地，永乐时建置了奴尔干都司及130多个卫所。至正统后，在奴尔干都司属地置卫达384个，所四个，地面(明代东北女真居地的一种区划单位)七个、站七个、寨一个。明后期，奴尔干各卫先后被努尔哈赤建立的后金政权所统一。
在西北嘉峪关以西畏兀儿居地，明初先后设置了哈密、沙州(今敦煌)、赤斤蒙古(今甘肃玉门市西北赤金)、安定、阿端(今青海格尔木县西北)、曲先(今青海格尔木县西北)、罕东(今青海青海湖以东)七卫。明中叶后，日渐遭到破坏。
在川西和青藏地区的藏族居地，明初先后设置了乌思藏(今西藏大部)、朵生卫(西藏东部、青海大部及川西)二都司及俺不罗(今西藏浪卡子)、牛儿宗寨(拉萨西南)等行都司，陇答(今西藏贡觉、昌都地区)、必里(黄河河源地区)、陇卜(今青海玉树北)等卫，及宣慰司三个、招讨司六个、千户所17和若干万户府、军民元帅府等。
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