祗园寺是九华山“四大丛林”之一,位于九华街入口处。初建于16世纪中期、明代嘉靖年间,清代多次重修和增建。民国八年,重新翻修,后来一再扩建,现在规模是九华山全山寺院之冠。
祗园寺是九华山寺庙中唯一的宫殿式建筑,雕梁画栋,金碧辉煌,包括山门、天王殿、大雄宝殿、三进殿和上百间堂屋。山门的前墙安有三重琉璃飞檐,蔚为壮观,门里有哼哈二将和红脸三目、手执钢鞭的王灵官。大雄宝殿内端坐有三尊喷金大佛,高6米余,是九华山所有寺庙中最大的佛像,两旁列着十八罗汉,气氛庄严肃穆。此外尚有方丈寮、退居寮、挂褡寮、衣钵寮和拨火寮等许多房舍,回旋曲折,宛如迷宫。
祗园寺东侧是藏经楼、上客堂。藏经楼内珍藏稀珍经书。其中《龙藏》,又名《清藏》,全称《乾隆版大藏经》,完成于乾隆三年(公元1738年),是清代唯一的官刻汉文大藏经,全藏共收经1669部,7168卷。