老君山森林资源丰富，品种多样，蓄积量大，是四个县重点林区之一。森林覆盖率为70%以上。
主要乔木有丽江云杉、冷杉、铁杉、长苞、大果红杉、云南松、高山松、红松、华山松等针叶树。珍稀树种有云南红豆杉、云南榧树等针叶树。还有多种阔叶树，如青皮、香樟、红椿、五角枫、水冬瓜、野樱等。有木质坚硬的黄栗、刺栗、麻栗、白栗、青冈栎、水青树等各种栎类，还有白杨、桦树、野核桃、五味子、柏、扁柏、刺柏、桉树等。由于本区域受地形、气候、土壤等条件的综合影响,植被的垂直分带典型而完整,森林植被垂直带大体如下：
金沙江干热河谷植被带：分布于1900米以下，气候干热，乔木树种不多，散见有云南松、苦栋、女贞、金合欢、山黄麻。灌木比较发达，主要以耐旱的刺类灌木和一些藤本植物构成，常见的旱柳、黄麻、胡枝子、小铁子、尖把果、刺蒺藜，多种蔷薇以及橄榄等。灌木下层以禾本科的菅草、两头毛、细草、旱茅、鬼针草等草本植物为主。
河谷半山暖热性针阔叶林带：分布于海拔1900~2600米，气候温湿的金沙江宽谷以及二半山区，尤以山箐和河谷地中分布较普遍。常见的乔木有：云南松、长穗栗、光叶栎、水冬瓜、黄背栎以及香樟、五味子、红椿、野核桃等杂木。经济林木有核桃、板栗、桑树、漆树等。果林以苹果、柿子、桃、梅、梨为主。灌木有南烛、山杨、矮生胡枝子、金丝桃、荚迷、黄泡果等，草本植物有旱茅、细柄草、铁线莲、野古草、黄草以及藤类为主。
暖湿性云南松及常绿针阔叶混交林带：分布于海拔2600~3200米，是针、阔叶混交林带，自然土壤较肥沃，植被种类多。常见乔木为云南松、华山松、落叶松、高山松、云南红豆杉、云南榧树、水冬瓜、山楸、野樱等，常见丽江云杉。本植物带中以云南松林分布最为广泛，有纯林，有与华山松或栎类杂生的混交林。常见的灌木类有：矮黄栎、锦鸡儿、青指甲、锈斑杜鹃、大白花杜鹃、荚迷、南烛、滇杨梅等。草本植物有萎陵菜、马先蒿、炸酱草、虎耳草、狗屎花等及各种藤类。
寒温性中山云、冷杉林带：分布于海拔3200~4000米。主要的乔木有丽江云杉、丽江冷杉。常见的树种有铁杉、大果江杉、鳞皮冷杉、长苞冷杉等。灌木以高山刺栎、锈斑杜鹃、毛叶杜鹃、长柄忍冬、箭竹组成的次生灌木为主。草本植物的优势种有：虎耳草、苔藓、短柄草、早熟禾勃安、山萝卜等。这一带是药材主产区，主要栽培药材有人参、天麻、贝母、当归、附子、云木香等。亚高山灌丛草地带：分布于海拔3700~4200米。灌属以杜鹃属植物为主，主要品种有：绒叶杜鹃、小叶高山杜鹃、小鳞叶杜鹃、紫花杜鹃等。其间常混有小羽叶花楸、忍冬、高山锈线菊等灌木。草本植物的优势种有：大狐草、小频狐草、山萝卜、萎陵菜、蒿草，另有金不换、雪上一枝蒿、山贝母、虫草、草乌、牛头七、雪莲花、野百合、雪茶等名贵中药分布。
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