关于维吾尔族的族源，说法不一。维吾尔民族人按自己的发展史记载。本民族与突厥族同出与匈奴民族，是匈奴族的单于的两个王子发生争斗，带领自己的部下逐渐形成了突厥和回鹘两个不同的民族，回鹘就是维吾尔族的先民，所以维吾尔语与其他的突厥族语言基本相同，只是发音上有所区别。包括远在小亚细亚的已经与当地民族融合很久的土耳其语都和维吾尔语基本相同，维吾尔族人到土耳其一个月就可以完全学会土耳其语和阿塞拜疆语，他们听这两种语言与听哈萨克等民族语言没有什么区别，就像是在听方言。而许多民族学家错误的认为其先民是可追溯至公元前3世纪北方游牧民族丁零以迄铁勒。在中国不同历史时期的汉文文献中对“维吾尔”这个族名有不同的译写。4世纪写作“袁经”，6世纪末、7世纪初写作“韦纥”，788年以前写作“回纥”，788年以后至13世纪70年代改写为“回鹘”，13世纪70年代至17世纪40年代写作“畏兀儿”，17世纪40年代到20世纪初则称“回部”或“缠回”等。还有人认为其族源可追溯至公元前3世纪的“呼揭”、“乌揭”，甚至远古塔里木盆地的原始土著民族。
唐天宝三年（744年）回纥消灭突厥汗国，居住在鄂尔浑河和色楞格河沿岸的回纥人建立了回纥汗国，其统辖范围包括贝加尔湖西南、叶尼塞河上游、阿尔泰山西南、天山以北、兴安岭以东等广大地区，后曾占领过天山以南部分地区、七河流域、真珠河（今锡尔河）、拨贺那（今费尔干纳）等地，与唐朝长期友好，曾两次派兵助唐平定安史之乱并与唐多次和亲。唐文宗开成五年（840年），回鹘汗国破灭，回鹘部众除一小部分留在原居住地外，绝大部分被迫进行大迁徙。
分南下与西迁，南下主要分为二支，其中一支奔向河西走廊，与早在武则天时南渡大漠而徙居于河西的回纥部众聚合。建牙帐于甘州（今甘肃张掖），被称为甘州回鹘或河西回鹘。咸通二年（872年）在甘州自立可汗，11世纪上半叶为西夏击败，后又为蒙古所统治。他们长期繁衍生息，今甘肃省的裕固族，这一支回鹘人的后裔。另一支回鹘部众来到天山以北，以西州（即高昌，今吐鲁番盆地）为中心建立起高昌回鹘政权，史称西州回鹘或高昌回鹘。
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